Nu vill organisationen att händelsen utreds ordentligt.
Burkina Faso har det senaste decenniet haft allt större problem med terrorism.
Attacken den 25 februari tros ha skett inom ramen för en militärkampanj riktad mot civila som anklagas för att samarbeta med väpnade islamistgrupper.
HRW har tagit del av vittnesuppgifter, bilder och videofilmer från händelsen.
Myndigheter i Burkina Faso har kontaktats av nyhetsbyrån AFP, men inte bemött anklagelserna.
