Attacken är den första som utförts av amerikanska styrkor i Irak sedan i februari.
Attacken "riktade in sig på kombattanter som försökte inleda en envägsattack med obemannade flygsystem", uppger tjänstemannen och tillägger att drönarna utgjorde ett "hot mot USA och koalitionsstyrkor".
Den tidigare paramilitära proiranska gruppen Hashed al-Shaabi, som nu är del av den irakiska armén, hade tidigare uppgett att robotangrepp dödat fyra personer vid en bas i Babil – men nämnde inget om försök att skjuta upp drönare.
De senaste veckorna har två attacker riktats mot USA och dess allierade styrkor i Irak.
