Departementet beordrade på onsdagen egyptiska flygbolag att undvika iranskt luftrum följande dag efter ett meddelande från Teheran om att att undvika luftrummet på grund av militärövningar.
Enligt Egypten kom varningen i ett meddelande som skickats av Iran till alla kommersiella flygbolag.
Varningen kommer i samband med ökade spänningar i regionen sedan terrorstämplade Hamas politiske ledare Ismail Haniya dödats i Iran i förra veckan – ett dåd de anklagar Israel för.
Förbudet gäller i tre timmar, från klockan 4.30 till 7.30 lokal tid.
Chefen för Irans internationella flygplats i Teheran förnekade tidigare att en varning gått ut för det västra luftrummet, men det är oklart om det gällde hela luftrummet, enligt statsstyrda iranska nyhetsbyrån Isna.
Upptrappningen i regionen har fått många internationella flygbolag att ställa in flygningar till Libanon, Iran och Israel.
