Ordern kom dagar efter det att ett parlamentsbeslut antogs om att endast de organisationer som "ingår i partnerskap" med statliga organ får verka i landet.
Beslutet ses som en del av regeringens försök att kväva all opposition.
President Daniel Ortega, en gång ledare för vänsterrebellerna sandinisterna, och landets regering har fängslat hundratals oppositionella de senaste åren. Dessutom har regimen redan stängt ned flera organisationer, som Nicaraguas Röda korset och flera katolska hjälpgrupper, sedan regimkritiska protester växte i styrka 2018.
