Intrånget på japanskt luftrum "är inte bara en allvarlig kränkning av våra territoriella rättigheter utan också ett säkerhetshot", säger talespersonen Yoshimasa Hayashi på tisdagen.
Kinas växande och militära inflytande i Stillahavsområdet och de territoriella dispyter man har med bland andra Filippinerna har fått USA och dess allierade att se rött.
Från Kina meddelas att information om situationen samlas in.
— Jag vill betona här att Kina inte har för avsikt att göra intrång i något lands territoriella luftrum, säger utrikesdepartementets talesperson Lin Jian.
Bedömare tror att Kina undersöker Japans luftförsvarsnätverk i jakten på underrättelser när Tokyo utökar försvarssamarbetet med USA och andra länder i regionen.