Översvämningarna har drabbat alla landets 23 provinser, uppger FN:s humanitära organ Ocha.
FN varnade förra veckan för allvarliga översvämningars påverkan i området, särskilt i Tchad, samtidigt som man uppmanade till omedelbart agerande och finansiering för att hantera klimatkrisen.
Enligt uppgifter från tidigare i september från Ocha har fler än 700 000 människor påverkats av allvarliga översvämningar i Sydsudan.
