Händelsen skedde tidigt under morgonen, och fler än 1 000 personer har evakuerats från kyrkan.
Vissa personer som skadats vårdas fortfarande.
Det är andra gången i veckan som det skett en olycka där människor trampats ihjäl i Nigeria. Efter att panik utbröt på ett tillfälligt nöjesfält i sydvästra Nigeria på onsdagen omkom minst 35 barn.
