En talesperson för den federala polisen säger till tidningen att poliser vid gränskontrollerna "måste genomföra (granskningen) manuellt".
Från Düsseldorfs internationella flygplats rapporteras om timslånga köer. Datorstoppet påverkar främst resande från länder som inte ingår i Schengenområdet.
Orsaken till driftstoppet är okänd.