Under räderna har ytterligare 15 misstänkta narkotikahandlare skjutits till döds, uppger militärchefen Francisco Cubides. 6,8 ton narkotika och fler än 120 vapen uppges ha tagits i beslag.
Kartellen Clan del Golfo beskylls för mord på ett 20-tal poliser och soldater den senaste månaden. President Gustavo Petro har anklagat organisationen för att "systematiskt mörda" medlemmar ur landets säkerhetsstyrkor.
Clan del Golfo bildades ur paramilitära högergrupper som stred mot colombianska vänstergerillor på 1990-talet. I ett senare skede riktade nätverket i stället in sig på den lukrativa kokainhandeln.
De uppges även försörja sig med hjälp av illegal gruvbrytning, utpressning och smuggling av migranter.