Fokus ligger bland annat på att identifiera personer som stöder USA:s ambitioner att få kontroll över Grönland, skriver tidningen.
Enligt källorna har ett hemligstämplat meddelande gått ut till flera olika myndighetschefer, bland annat chefen för underrättelsetjänsten CIA och chefen för myndigheten för nationell säkerhet (NSA).
USA:s underrättelsechef Tulsi Gabbard säger i en skriftlig kommentar att "The Wall Street Journal borde skämmas över att hjälpa aktörer inom 'den djupa staten', som försöker underminera presidenten genom att politisera och läcka sekretessbelagd information".
Danmarks utrikesminister Lars Løkke Rasmussen är bekymrad och säger på väg in till EU:s utrikesministermöte i Warszawa att USA:s ambassadör i Köpenhamn kallas upp för en förklaring.
— Man spionerar inte på vänner, fastslår Løkke.
USA:s president Donald Trump har i upprepade utspel uttryckt att han vill ta över Grönland och har sagt att han inte utesluter en militär insats för att få kontroll över ön.
Grönland och Danmark har i sin tur avvisat samtliga amerikanska utspel.