Presidentordern var en av många som Donald Trump skrev under den första dagen av sin andra mandatperiod. Enligt orden är det oförenligt för en soldat att identifiera sig som transperson och leva "en ärofylld, sanningsenlig och disciplinerad livsstil", skriver BBC.
I mars blockerades dock förbudet nationellt av en federal domstol i Washington, som ansåg att Trumpstyret inte presenterat tillräckliga bevis på att transpersoner inom militären hotar kårens effektivitet.
Justitiedepartementet svarade med att skicka in en begäran till Högsta domstolen om att lyfta blockeringen, vilken alltså nu godkänts. Det innebär att presidentordern nu kan genomföras, samtidigt som åtalet i den lägre instansen ligger kvar.
Trump har sedan han tillträdde i januari tagit flera steg mot att inskränka transpersoners rättigheter. Tidigare i år har regeringen bland annat verkat för att förbjuda transkvinnor att tävla på damsidan i olika sporter.