Det är den första attacken av det slaget i Syrien på nästan en månad, och sker sedan Damaskus tidigare i maj tillkännagav indirekta samtal med Israel.
En civil person dödades i anfallet, enligt Syriens statligt styrda nyhetsbyrå Sana.
Den israeliska militären uppger att den attackerat vapenlager där det fanns vapen som ansågs utgöra ett hot mot Israel.
