Bolton står sedan i oktober i fjol anklagad för att ha förvarat topphemliga dokument hemma och ha d elat sekretessbelagd information med anhöriga.
Åtalet omfattar 18 punkter.
Överenskommelsen med justitiedepartementet, som inte offentliggjorts, ska innebära att Bolton får max fem års fängelse. Men domaren kan också besluta att inte utdöma något fängelsestraff, uppger AP:s källa.
Bolton väntas dock få böta 2,25 miljoner dollar, enligt uppgifterna.
Bolton var säkerhetsrådgivare i knappt ett och ett halvt år under Trumps förra mandatperiod. De senaste åren har han profilerat sig som en högljudd Trumpkritiker.
