Händelserna som utreds uppges ha ägt rum mellan januari och maj 2024 i Israel, Egypten och Gaza, säger kansliet för Frankrikes antiterror-åklagare i ett uttalande. Utredningen bygger på en anmälan från två organisationer som kom in i slutet av förra året.
Enligt fransk lagstiftning kan personer med hemvist i Frankrike åtalas och lagföras om misstankarna rör brott mot mänskligheten eller folkmord.
Åklgarna nämner inte specifikt vilka som omfattas av misstankarna, men enligt franska medier rör det sig om två pro-israeliska organisationer, varav den ena tidigare sanktionerats av EU och USA för att ha blockerat nödhjälp till Gaza.
Sanktionerna lyftes dock av USA samma dag som Donald Trump svors in som president.
Frågan huruvida Israel begår folkmord i Gaza är sedan december 2023 uppe i Internationella domstolen (ICJ) i Haag, där Sydafrika dragit Israel inför rätta. Avgörandet väntas ta flera år.