I ett inslag i statlig tv syntes hur Khamenei deltog i en religiös ceremoni vid en moské i Teheran.
Den 86-årige ledaren, som suttit vid makten sedan 1989, syntes i tv även förra veckan, men då i ett förinspelat tal.
Kriget inleddes med en våg av överaskningsangrepp från Israel den 13 juni, som motiverades med påståenden om att Iran höll på att utveckla kärnvapen. Kriget tog slut efter det att USA gav sig in i det på Israels sida och bombade tre iranska kärnenergianläggningar.
Under tolv dagars krig dödades över 900 människor i Iran och minst 28 i Israel, enligt officiella uppgifter från respektive sida.
