Ryska myndigheter uppger att han hittades i sin bil med en skottskada och att utredarna misstänker självmord.
Nyheten kommer bara timmar efter det att det meddelats genom ett presidentdekret att Starovojt avskedats. Ingen anledning angavs till avskedandet.
Det följer dock på en helg av trafikkaos där hundratals flyg blivit stående på ryska flygplatser med anledning av hotet om drönarattacker från Ukraina.
Ryska medier spekulerar också i om avskedandet kan ha haft kopplingar till en utredning om förskingring av statliga medier som öronmärkts för att bygga militära befästningar i regionen Kursk, där Starovojt var guvernör innan han utsågs till transportminister.
