Freedom Flotilla bekräftar i ett pressmeddelande att militären bordat och att de ”förlorat all kommunikation” med fartyget Handala.
Fartyget väntades anlända till Gaza under söndagsmorgonen, och skulle därmed trotsa Israels blockad.
Timmar innan fartyget bordades på lördagen var det 19,4 mil från Gaza, närmare än föregångaren Madleen som stoppades i juni med Greta Thunberg i besättningen.
Israels flotta meddelade då att man skulle hindra även Handala från att nå Gaza.
— Israels armé upprätthåller den lagenliga, maritima säkerhetsblockaden mot Gazaremsan och är förberedd på en en mängd olika scenarier, sade en talesperson för militären.
Handala har 19 aktivister och två journalister från olika länder ombord. Fartyget lämnade hamnen på Sicilien den 13 juli med syftet att bryta Israels blockad av Gaza och leverera förnödenheter till dess befolkning. Besättningen har hotat med hungerstrejk om Israel bordar fartyget.