Tillslagen tidigt på tisdagsmorgonen gjordes både vid utrikestjänsten EEAS i centrala Bryssel och vid universitetet College of Europe i Brygge, rapporterar nyhetssajten Euractiv.
Även ett par privatbostäder ska ha genomsökts.
Missa inget viktigt, följ oss på GoogleStort bedrägerilarm hos EU
Misstankarna uppges gälla bland annat bedrägerier i samband med upphandlingar och förskingring.
Ett tiotal poliser ska ha deltagit i tillslaget mot EEAS, som formellt leds av utrikeschefen Kaja Kallas.
