En enkel kista i furu med en blombukett på bars fram av sex anglikanska präster, rapporterar AFP.
Tiden kistan kommer att stå i katedralen har förlängts till två dagar för att minska risken för att kaos bryter ut när många väntas komma för att ta farväl.
Desmond Tutu, tidigare ärkebiskop i Sydafrika och mottagare av Nobels fredspris, dog 90 år gammal den 26 december.
