Musovic har tidigare spelat i damallsvenska FC Rosengård, innan hon lämnade för den engelska storklubben Chelsea.
Den 29-åriga målvakten lämnade Londonklubben efter säsongen, och har stått utan kontrakt sedan dess.
Nu återvänder Musovic till svensk fotboll för spel i MFF.
”Vi är otroligt nöjda över att få in en spelare av Zeciras kvalitet och hennes erfarenhet från spel på absolut högsta nivå”, säger klubbens assisterande sportchef Maxim Khalil i ett pressmeddelande.
Kontraktet är skrivet till 2028.
— Jag har alltid haft en förkärlek för Malmö FF och mentaliteten som finns här, att man vågar sticka ut hakan, säger Musovic i en intervju på MFF:s hemsida.
Musovic har gjort 27 landskamper och var en av Sveriges viktigaste spelare under VM i Australien och Nya Zeeland 2023.
Tidigare i år gick Musovic ut med att hon är gravid, hon kommer därför inte till spel i sommarens EM i Schweiz.
— Det finns väldigt få svar som jag kan ge själv (om när hon är tillbaka i spel). Men jag har kämpat ihjäl mig för att komma tillbaka på bästa möjliga och snabba sätt efteråt, säger Musovic.
Malmö FF ligger på tredje plats i damallsvenskan.