Chelsea dominerade från start och pressade Benfica.
Men det dröjde en bit in i andra halvlek innan nollan spräcktes. I den 64:e minuter slog lagkaptenen, ytterbacken Reece James, med precision in en frispark bakom Benfica-målvakten Anatolij Trubin.
Med bara fyra minuter kvar av ordinarie tid slog i stället vädret till. Strikta regler gjorde att matchen, som spelades i Charlotte i North Carolina, fick pausas.
När tillställningen återupptogs efter nära två timmar hade Benfica mer energi. På tilläggstid fick laget en straff – som Ángel Di María förvaltade kyligt.
I förlängningen visades Gianluca Prestianni i Benfica ut efter sitt andra gula kort.
Då gick proppen ur. Genom ett målfyrverkeri av Christopher Nkunku, Pedro Neto och Kiernan Dewsbury-Hall rusade Chelsea vidare i turneringen.
Dramat pågick sammantaget i fyra timmar och 39 minuter.
I lördagskvällens andra åttondelsfinal drog Palmeiras det längsta stråt. Botafogo besegrades med 1–0 efter att Paulinho gjort mål i förlängningen.
Det innebär att Chelsea och Palmeiras möts i kvartsfinal.
Chelseamatchen är den sjätte som avbryts i dåligt väder under turneringen, skriver AFP. Tränaren Enzo Maresca var kritisk efteråt.
— Det är ett skämt, det är inte fotboll, sade han.
— Jag kan förstå att man måste avbryta av säkerhetsskäl. Men om du stoppar sju eller åtta matcher, kanske inte detta är rätt plats för den här turneringen.