26-åringen har dragits med ryggproblem sedan december och har inte varit i spel sedan dess.
Mittbacken har försökt spela sig tillbaka efter skadan, men tvingades till sist genomgå ett kirurgiskt ingrepp.
”Jag är självklart besviken över att jag missar VM”, skriver de Ligt på Instagram.
Nederländerna inleder turneringens gruppspel mot Japan den 14 juni. Därefter väntar Sverige på midsommardagen den 20 juni och sedan Tunisien den 26 juni.
Nederländerna har skjutit på sin trupputtagning. VM-truppen skulle presenteras den 25 maj men har flyttats till den 27 maj.
