Succémålvakten Markus Svensson var bara sju sekunder från att få hålla sin andra nolla för säsongen.
Det var Niklas Zetterström, som i spel fem mot fyra, förstörde Svenssons chans att hålla nollan när han sköt 1-3-reduceringen i numerärt överläge sedan Sacha Treille fått en sen utvisning.
Poängen var Zetterströms sjätte på åtta matcher sedan flytten tillbaka till Sundsvall från Björklöven
Syndabocken Treille gjorde för övrigt matchens 2-0-mål i inledningen av andra perioden.
Kim Staal och Patrik Hersley gjorde Malmös två övriga mål, där Fredrik Eriksson noterades för två assist.