Vissa störningar till följd av strejken kommer även märkas i trafiken på torsdagen, varnar flygbolaget i ett uttalande.
Beskedet sänker Lufthansas aktie på Frankfurtbörsen med över 3 procent.
Klicka här för att följa oss på GoogleStrandade löneförhandlingar med pilotfacket Vereinigung Cockpit (VC) ligger bakom endagsstrejken.
"Vi befinner oss för långt från varandra för närvarande", skriver VC:s förhandlingschef Marcel Groels i ett uttalande.
Fredagens pilotstrejk följer på en sommar präglad av tusentals inställda flygningar till följd av personalbrist på flygbolag och flygplatser. Kaoset tvingade Lufthansa att ställa in 13 procent av sina planlagda sommarflygningar.
Lufthansa har även flaggat för att man kommer att dra in 10 000 flygningar i vinter till följd av personalbrist
Lufthansa gjorde i augusti upp med markpersonal organiserad i fackförbundet Verdi, där lönerna höjdes med 13,6-18,6 procent.
