Transportstyrelsen tog beslutet efter en insats på lördagsförmiddagen.
Nyttjandeförbudet innebär att fartyget, som är med på EU:s sanktionslista, inte får resa vidare.
Klicka här för att följa oss på Google— Det får inte lämna förrän bristerna vi har identifierat är avhjälpa. Det ligger på rederiet att göra det, säger Transportstyrelsens presschef Mikael Andersson.
När Sea Owl I bordades inleddes en förundersökning om bristande sjövärdighet, brukande av falsk urkund, grovt brott, och ytterligare brott mot sjölagen. Befälhavaren, som är ryss, är anhållen.
Det är andra gången på kort tid som ett fartyg bordas utanför skånska kusten.
