Lyons lämnade in sin avskedsansökan till den nya ministern för inrikes säkerhet Markwayne Mullin, på torsdagen.
Lyons, som utnämndes till ställföreträdande chef för ICE av Donald Trump i mars 2025, har varit en viktig allierad för presidenten i hans hårdföra politik mot invandring. Enligt amerikanska medier har Lyons sedan i fjol ansvarat för omkring en halv miljon deportationer utförda av ICE.
Hård kritik har riktats mot Lyons på grund av de metoder som använts av ICE.
Vem som ska ta över efter Lyons är oklart.
