När piloterna hittades var deras tillstånd stabilt, men de kommer föras till sjukhus för kontroll. Planet kraschade i ett skogsområde nära staden Slatina i östra Kroatien.
Departementet uppger inte orsaken till kraschen.
Kroatien, som är både medlem i EU och Nato, köpte i fjol ett antal använda stridsplan av typen Rafale från Frankrike, för att byta ut de gamla Mig-planen.
