Utspelet kommer efter uppgifter om att de misstänkta gärningsmännen i terrordådet i Moskva var tadzjiker.
Därmed försöker den tadzjikiske ledaren indirekt avfärda alla misstankar om att landet har varit delaktigt i förberedelser eller genomförande av terrorattacken, som enligt ryska myndigheter kostade över 130 människor livet.
Uppgiften om telefonsamtalet mellan Putin och Rahmon kommer från det tadzjikiska presidentkansliet, men inga direkta hänvisningar till händelserna i Moskva görs i uttalandet.
Utrikesdepartementet i Tadzjikistan har tidigare sagt att uppgifterna om nationalitet på de misstänkta terroristerna var felaktiga.
