"Med tanke på allvaret i de mycket omskrivna anklagelserna mot mig kan jag inte fortsätta i den här rollen", skriver hon i en avskedsansökan som AFP har tagit del av.
Mapisa-Nqakula nekar till korruptionsanklagelserna. Hon var försvarsminister mellan 2014 och 2021.
I mars genomfördes en razzia i hennes bostad.
Om mindre än två månader är det val i Sydafrika och skandalen kommer olägligt för det styrande partiet ANC, som Nosiviwe Mapisa-Nqakula tillhör. Partiet brottas med sviktande stöd i opinionsmätningarna, svag ekonomi och anklagelser om misskötsel.
I ett uttalande applåderar ANC Mapisa-Nqakulas beslut att kliva åt sidan.
"Vi värdesätter hennes vilja att upprätthålla en bra bild av oss", meddelar partiet.
