Anfallet ägde rum under onsdagen och först talades det om runt 30 dödsoffer.
"Den israeliska fienden utförde en attack från luften, den /.../ riktade sig mot en rad byggnader i staden Palmyra", skrev Syriens försvarsdepartement då.
Enligt Syriska människorättsobservatoriet (SOHR), som bevakar konfliktläget i Syrien från Storbritannien, ska många av offren ha varit medlemmar i al-Nujaba-brigaden, en shiamilis som stöds av Iran och där många enligt SOHR är utländska medborgare.
Israel har inte kommenterat uppgifterna, men det brukar landet inte göra kring krigshandlingar i Syrien.
Palmyra ligger längs en viktig väg från Irak genom Syrien. Det var en gång huvudstad i det kortlivade Palmyriska imperiet, som sträckte sig från nuvarande Turkiet till Egypten. Numera är det mest känt som en fornminnesplats.
Delar av de historiska monumenten förstördes under det syriska inbördeskriget. Ruinerna var uppsatta på Unescos lista över världsarv.
