Anklagelserna mot honom gäller att han ska ha hindrat insamling av bevis, säger den federala polisen i ett uttalande.
Myndigheterna genomförde också två husrannsakningar i samband med gripandet.
Braga Netto anklagades formellt i november, tillsammans med den tidigare presidenten Jair Bolsonaro och 35 andra, för att ha planerat en statskupp för att hålla Bolsonaro kvar på posten efter hans misslyckade omval 2022.
Braga Netto var Bolsonaros stabschef från 2020 till 2021 och försvarsminister från 2021 till 2022.
Hans juridiska företrädare har tidigare sagt att de kommer att vänta med uttalanden tills de har hunnit granska polisdokumenten.
