Gnisslet började redan 2016, då den mångårige senatorn offentligt uppmanade Trump att avsluta sin första presidentkampanj. Det skedde i ljuset av Access Hollywood-krisen, då ljudinspelningar med Trumps sexistiska skryt offentliggjordes.
Även några år senare, efter den dödliga stormningen av Kapitolium, riktade John Thune svidande kritik mot Trump.
"Det expresident Trump gjorde för att underminera tron på vårt valsystem och störa det fredliga maktöverförandet är oförlåtligt", skrev han i ett uttalande.
Samma mål?
Trump å sin sida har gång på gång attackerat Thune och avfärdat honom som en "rino" – republikan enbart till namnet.
Nu måste de två jobba ihop. Thune är, jämte representanthusets talman Mike Johnson, en nyckelperson för att Trump ska få igenom lagar och initiativ. Dessutom är senaten, där Thune nyligen utsågs till majoritetsledare efter Mitch McConnell, den kammare som frågar ut och godkänner en presidents ministrar och kandidater till andra höga poster.
Så hur ska Maga-anföraren Trumps och den mer traditionelle republikanen Thunes samarbete se ut? Thune har beskrivit deras relation som "under utveckling".
— Det finns en linje, vi vill till samma mål, sade han nyligen till NBC.
Men Thune ville inte förbinda sig att göra tumme upp för alla Trumps ministerkandidater, bland dem vaccinskeptikern Robert F Kennedy som Trump vill se som hälsominister och exdemokraten Tulsi Gabbard, som uttryckt sig Rysslandsvänligt, som nationell underrättelsechef.
— Tuffa frågor kommer att ställas, lovar han.
Kan säga nej
Thune har låtit omvärlden förstå att han vill hjälpa presidenten att lyckas men att han också tycker sig kunna säga nej till Donald Trump. Den 64-årige löparen (en gång korad till kongressens snabbaste), ekonomen och fasanjägaren har också sagt att han tänker förklara för Trump vad som är realistiskt att åstadkomma i senaten.
Det kan behövas i ljuset av allt Trump vill få igenom – från skattesänkningar till skärpt gränssäkerhet och resurser för massdeportationer. Just nu försöker kongressledarna enas om huruvida allt ska bakas in i en enda jättelag eller om det ska delas upp.
Republikanerna har majoriteten i kongressens båda kamrar, men det är inga stora övertag. Och det är inte säkert att alla följer huvudlinjen i det splittrade partiet som hyser representanter för såväl den kristna högern som libertarianer, så kallade Rockefeller-republikaner som förordar fri marknad och låga skatter samt anhängare av Trumps Maga-agenda (Make America Great Again).
