"Efter flyglarmet som ljöd för en kort tid sedan i flera områden i Israel har en missil avfyrad från Jemen genskjutits", heter det i ett uttalande från militären.
Enligt nyhetsbyrån AFP har explosioner hörts i Jerusalemtrakten.
"Huthierna fortsätter att skjuta iranska missiler mot Israel. Som utlovat kommer vi att svara med kraft i Jemen och varhelst det är nödvändigt", skriver Israels försvarsminister Israel Katz på X.
I söndags slog en robot från Jemen ner vid Israels största flygplats Ben Gurion utanför Tel Aviv. Sex personer fick lättare skador och flera stora flygbolag stoppade sina flygningar till och från flygplatsen.
Den Iranstödda Huthimilisen tog på sig attacken och lovade att fler skulle följa. Huthierna säger sig även ligga bakom fredagens robotattack, som också den ska ha varit riktad mot flygplatsen, enligt ett uttalande från rörelsen.
I början av veckan svarade israeliska och amerikanska stridsflyg med attacker mot mål i Jemen som tillhör den islamistiska extremiströrelsen.
I onsdags meddelade USA:s president Donald Trump att en vapenvila slutits med Huthimilisen – ett besked som uppges ha överrumplat Israel.
Huthierna har klargjort att överenskommelsen med USA inte påverkar milisens anfall mot Israel och att alla fartyg i Röda havet – ett frekvent mål för islamisterna – är säkra utom de israeliska.
Enligt milisen sker attackerna mot israeliska mål till stöd för palestinierna i krigets Gaza.