Araghchi säger att USA och Israel passerat ”en stor röd gräns” med attackerna mot atomenergianläggningarna.
Araghchi och Putin kommer att träffas i morgon måndag för att ”samråda”.
Under söndagen kommer även fördömanden från det ryska utrikesdepartementet som kallar USA:s attacker ”oansvariga” och "en grov överträdelse mot internationell rätt".
”Det är tydligt att en farlig eskalering har inletts”, säger utrikesdepartementet i ett uttalande.
Samtidigt skriver den ryske tidigare presidenten Dmitrij Medvedev på Telegram att han fördömer USA:s attacker och anklagar den amerikanske presidenten Donald Trump för att ha startat ett nytt krig.
”Bra start, grattis herr president”, skriver Medvedev.