Männen dömdes till 80 piskrapp vardera under måndagen i den ultrakonservativa regionen Aceh.
Rättegången hölls bakom stängda dörrar. Domare har rätt att begränsa allmänhetens tillgång till rättegångar om målet kan kopplas till äktenskapsbrott.
De två männen, 20 och 21 år gamla, greps i april efter att en person ur allmänheten såg dem gå in på en toalett i en park. Polisen bröt sig in på toaletten där männen ska ha kyssts och kramats, vilket domstolen bedömer är en sexuell handling.
Aceh är den enda regionen i landet där sharialagar tillåts i det muslimska landet. Domen är den femte av sitt slag i regionen sedan lagarna infördes 2015.
Det finns ingen nationell lagstiftning i Indonesien som förbjuder homosexualitet.
