Petro talade inför FN:s generalförsamling natten mot onsdag svensk tid. Under sitt anförande tog han upp USA:s attacker mot tre båtar i Karibien som anklagats för att frakta narkotika.
Över ett dussin människor har bekräftats döda i attackerna och Petro misstänker att några av dem varit colombianska medborgare. Landet är världens största producent av kokain.
Enligt Petro var flera av människorna på båtarna ”unga personer som bara ville fly fattigdom”.
Attackerna har utlöst debatt eftersom att narkotikasmuggling i sig inte ger dödsstraff enligt amerikansk lag, och att Washington har inte gett några konkreta bevis för att de mål som attackerats faktiskt smugglade droger.
— En straffrättslig process måste inledas mot dessa amerikanska tjänstemän. Detta inkluderar president Trump, sade Petro och menar att de som tjänar mest pengar på narkotikasmugglingen befinner sig i USA.
Donald Trump har å sin sida viftat bort kritiken som riktats mot besluten om att attackera båtarna.
— Det här är en varning till varje terroristligist som smugglar giftiga droger in i USA: Vi kommer att förinta er, sade han under sitt anförande inför generalförsamlingen.
Colombia och USA är sedan tidigare allierade men i förra veckan tog Trumpstyret bort Colombias klassificering som "allierad i kriget mot droger".