Det första larmet inkom vid 21.30 sedan flera personer sett drönare flyga intill flygplatsen. Först en timme senare kunde polisen bekräfta att drönare siktats, då inne på flygplatsområdet.
Luftrummet kring flygplatsen stängdes och omkring 20 flygningar påverkades.
Flygtrafiken till och från Münchens flygplats reduceras varje kväll vid 10 för att minska störningar för boende i närheten och mellan midnatt och 05 görs inga flygningar alls.
Om flygtrafiken kommer att återupptas som vanligt på fredagsmorgonen är oklart.
