Enligt CNN väntas Bolton, eventuellt så snart som på fredag, överlämna sig själv till myndigheterna i delstaten Maryland.
Åtalet kommer efter det att FBI genomförde en gryningsräd mot den republikanske veteranen i somras. Enligt CNN:s uppgifter misstänks han för att ha delat hemlighetsstämplat material med familjemedlemmar via e-post.
Bolton har på senare år profilerat sig som en högljudd kritiker av Donald Trump. Bland annat har han kallat Trump ”olämplig” som president i en bok han skrev efter det att han sparkats från tjänsten som nationell säkerhetsrådgivare, och han har regelbundet kritiserat Trumps utrikespolitik.
Trump har å sin sida anklagat Bolton för att avslöja statshemligheter i samma bok, men försök att få boken stoppad har misslyckats.
Trump har markerat mot Bolton genom att dra in dennes säkerhetsklassning och återkalla hans personskydd.
Tidigare i oktober åtalades Letitia James, känd som åklagaren som lyckades få till stånd en fällande dom om bedrägeri mot Trump – vilket följde på ett åtal mot den förre FBI-chefen James Comey. Trump och hans administration anklagas för vendetta på politiska motståndare, bland annat av demokraterna i USA:s kongress.