Beskedet innebär att det sannolikt var Iranstödda shiamiliser i Irak som låg bakom attacken.
Ingen grupp har tagit på sig attacken, men Iranallierade miliser har tidigare under Irankriget utfört attacker mot länder kring Persiska viken.
De tre drönarna orsakade en brand i en elgenerator, men det uppstod inga skador på själva kärnkraftverket.
Ytterligare tre drönare har skickats mot Förenade arabemiraten under de senaste två dagarna, enligt försvarsdepartementet.