I Göteborg tog Londonklubben ledningen genom Sam Kerr. Men Häcken kom tillbaka kort efter och kvitterade efter ett vackert anfall som Clarissa Larisey avslutade i mål.
Chelsea, med landslagsstjärnorna Zecira Musovic och Johanna Rytting Kaneryd i startelvan, växlade upp och drog ifrån. Mycket tack vare Erin Cuthbert som satte två mål.
Segern gör att Chelsea tar över första platsen i gruppen på åtta poäng, en ner till Häcken.
Två gruppspelsmatcher återstår.
