Beskedet kom på en pressträff att 33-åringen nu lämnar laget på grund av en skada i vänsterfoten, skriver den japanska sporttidningen Sponichi
Wataru Endo opererade foten i februari, har tränat på egen hand hittills i USA och hoppet var att han skulle vara spelklar till Japans första match mot Nederländerna på söndag.
Så blir det inte.
Ko Itakura, Ajax, blir ny lagkapten och anfallaren Shuto Machino, Mönchengladbach, kallas in som ersättare till Endo.
Sverige möter Japan i den sista gruppspelsmatchen natten till den 26 juni.
