Efter att ha inlett målskyttet spelade brasilianaren några minuter senare fram Federico Valverde som satte 2–0 innan halvtidsvisslan.
Gonzalo Garcia fastställde sedan slutresultatet mot slutet av matchen.
Real Madrid går med det obesegrat vidare till slutspel med sju poäng av nio möjliga.
Salzburg är utslaget. Saudiska Al-Hilal vann nämligen samtidigt över redan bortgallrade Pachuca från Mexiko med 2–0.
Real Madrid och Al-Hilal ställs mot Juventus respektive Manchester City i åttondelsfinalen.
