Ceremonin är privat och inga utomstående tillåts in i kyrkan. Detta efter att familjen upplevt fredagens minnesstund som alltför intensiv, uppger BBC.
Under lördagsförmiddagen sågs flera lagkamrater till Liverpoolanfallaren anlända till den lilla katolska kyrkan i Gondomar, däribland lagkapten Virgil Van Dijk och Andy Robertson som bar rödvita blomsterkransar dekorerade med spelarnummer. Liverpool-tränaren Arne Slot och medspelare som Alexis Mac Allister och Joe Gomez skymtades också på plats.
Även portugisiska landslagskamrater såsom Bernardo Silva, Rúben Dias, Ruben Neves och Bruno Fernandes sågs anlända till ceremonin.
Diogo Jota och André Silva omkom i en bilolycka i närheten av Cernadilla i norra Spanien nära gränsen till Portugal.
Jota gjorde 190 matcher i Premier League, för Liverpool och Wolves, och representerade det portugisiska landslaget i 49 matcher.
Han blev 28 år gammal och efterlämnar fru och tre barn.