Hammarby bötfälls motsvarande 446 000 kronor, efter att ha blockerat delar av läktaren och kastat föremål i mötet mot belgiska Charleroi.
Häcken bötfälls motsvarande 44 000 kronor för inkastade föremål i mötet med norska Brann.
Hammarby väntas även straffas för pyroteknik under mötet med norska Rosenborg, enligt Fotbollskanalen.