Stor hjälte: Liverpoolstjärnan Mohamed Salah som gjorde två av målen när Djibouti besegrades med 3–0 i Casablanca.
Ibrahim Adel blev också målskytt.
Egypten blev därmed den tredje afrikanska nationen att säkra en VM-plats efter Marocko och Tunisien.
Egypten har spelat VM tre gånger, 1934, 1990 och 2018, men har aldrig gått förbi gruppspelet.
Lilla Kap Verde hade också chansen att säkra en VM-plats, men 3–3 borta mot Libyen räckte inte då Kamerun samtidigt vann över Mauritius.
Kap Verde har dock allt i egna händer och leder sin grupp, två poäng före Kamerun. Vid seger i sista matchen mot jumbon Eswatini på måndag är VM-platsen säkrad.