Personen avlägsnades från läktaren av ordningsvakter som bad supportern att lämna arenan.
”Real Madrid fördömer denna typ av gester och uttryck som uppmanar till våld och hat inom idrotten och i samhället", skriver klubben i ett uttalande.
Det här är en i raden av situationer på sistone där Real Madrid hamnat i fokus utanför planen.
I första mötet anklagades Benficas Gianluca Prestianni för rasism mot Real-stjärnan Vinícius Júnior och stängdes av i väntan på utredning av Europeiska fotbollsförbundet (Uefa).
Real-mittbacken Dean Huijsen hamnade efter det i blåsväder då han återpublicerade ett inlägg med nedlåtande innehåll om asiater.
Real Madrid vann matchen med 2–1 och tog sig vidare till åttondelsfinal med sammanlagt 3–1.
