Landskampen mot Island var Japans sista planerade match innan de far till Nordamerika för VM, där bland annat Sverige väntar i gruppspelet.
Japan hade spelmässigt övertag i stora delar av matchen, men det dröjde ända till 87:e minuten innan laget kunde spräcka nollan.
Inhopparen Koki Ogawa, till vardags i nederländska Nijmegen, var den som satte segermålet efter assist från Werder Bremens Yukinari Sugawara.
Sverige och Japan möts 26 juni i den avslutande gruppspelsmatchen för lagen. Även Nederländerna och Tunisien återfinns i gruppen.
Sommarens fotbolls-VM i USA, Kanada och Mexiko pågår mellan 11 juni till 19 juli.
