Avtalet om försvarspakten RAA skrevs under på måndagen i Manila vid en ceremoni där bland annat Japans utrikesminister Yoko Kamikawa och Filippinernas försvarsminister Gilberto Teodoro deltog.
Filippinerna och Japan är sedan länge allierade med USA, som har stärkt sina band till många länder i området för att möta Kinas militära makt och inflytande i regionen.
Japan har de senaste åren även ingått liknande avtal med Australien och Storbritannien.
