Flera personer har gripits av polisen, meddelar Kosovos premiärminister Albin Kurti. Polisen har också samlat in vittnesmål och bevis, tillägger han.
Vattenförsörjningen är delvis reparerad, till en kapacitet av en fjärdedel av det normala.
Explosionen skedde nära staden Zubin Potok i gränstrakterna mot Serbien på fredagskvällen. Efter händelsen skyllde Kurti, utan att presentera några bevis, på gäng som stöds av grannlandet Serbien.
— Det handlar om en kriminell attack, en terroristattack i syfte att skada viktig infrastruktur för oss, sade han på en presskonferens sent på kvällen.
EU fördömer attentatet och kallar det för en terrorattack.
"Det är en förkastlig handling och ett sabotage av Kosovos infrastruktur, som förser stora delar av Kosovos befolkning med dricksvatten och är en livsviktig del av Kosovos energisystem", säger EU:s utrikeschef Josep Borrell i ett uttalande.
Även USA, Frankrike och Turkiet fördömer attentatet. Serbien nekar till att ligga bakom dådet.