Organisationen har varit en nagel i ögat på Bukele då den dokumenterat övergrepp i regeringens ”krig” mot gängbrottslighet och frihetsberövanden av hundratals venezuelaner som deporterats från USA.
Regeringen har under en längre tid försökt undertrycka opposition och kritiker. Men enligt Cristosals chef Noah Bullock har läget försämrats ytterligare sedan Bukele känt sig stärkt av sin allians med USA:s president Donald Trump.
— Bukeles regering har släppt lös en våg av repression de senaste månaderna. Civilsamhällesledare, akademiker och till och med företagare har drivits bort, säger han till nyhetsbyrån AP.
Cristosal bildades 2000 av biskopar för att granska människorättsbrott efter landets brutala inbördeskrig.
Organisationen uppger att dess personal under flera år förföljts av polis, fått sina mobiler buggade med spionprogram och drabbats av juridiska komplotter och smutskastningskampanjer. Man lägger nu ner huvudkontoret i El Salvador och flyttar all personal till grannländerna Guatemala och Honduras.